MARD là cơ quan chủ quản. VNUA là chủ dự án. Giám đốc VNUA ra quyết định thành lập VNUA - UPMU căn cứ vào nội dung, quy mô, tính chất, phạm vi hoạt động, phương thức tổ chức quản lý thực hiện dự án ODA và thỏa thuận của nhà tài trợ, điều ước quốc tế và các quy định của pháp luật dự kiến 01 tháng sau khi Dự án được chính thức phê duyệt thực hiện. VNUA - UPMU bao gồm: Giám đốc dự án, Phó Giám đốc dự án, Điều phối viên, các vị trí tư vấn và có các ban: (1) Ban Tài chính - Kế toán; (2) Ban Mua sắm và Đấu thầu; (3) Ban Chuyên môn kỹ thuật (phụ trách đào tạo, phụ trách nghiên cứu, phụ trách hợp tác quốc tế); (4) Văn phòng (hành chính, truyền thông); (5) Ban Giám sát (giám sát và đánh giá và kiểm toán nội bộ); và (6) Ban cố vấn. Đồng thời, VNUA sẽ thuê Tư vấn quản lý dự án đủ năng lực (thông qua hợp đồng) để thực hiện một số công việc trong hoạt động đầu tư xây dựng, mua sắm trang thiết bị, v.v..
Nhiệm vụ của từng bộ phận như sau:
Giám đốc VNUA-UPMU chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn và CĐT về việc tổ chức, quản lý và điều hành toàn bộ hoạt động của dự án; xây dựng quy chế tổ chức hoạt động của VNUA-UPMU theo quy định hiện hành; Phân công nhiệm vụ của các Phó Giám đốc, Điều phối viên, trưởng các bộ phận và thành viên VNUA-UPMU.
Phó Giám đốc VNUA-UPMU: Thực hiện chức năng, nhiệm vụ theo sự phân công và ủy quyền (nếu có) của Giám đốc VNUA-UPMU; Thường xuyên kiểm tra, giám sát hoạt động theo các kế hoạch đã được phê duyệt; xử lý kịp thời các vướng mắc trong quá trình hoạt theo thẩm quyền và trong lĩnh vực được phân công.
Điều phối viên dự án: Tổ chức và cập nhật chi tiết kế hoạch hoạt động của dự án; Điều phối và phối hợp với các bộ phận trong VNUA-UPMU thực hiện các hoạt động của dự án đảm bảo kế hoạch và tiến độ của dự án; Giám sát, đánh giá và báo cáo tiến độ thực hiện hoạt động và đầu ra, kết quả công việc;
Bộ phận văn phòng dự án (hành chính, truyền thông): Thực hiện công tác hành chính; tổ chức hội nghị, hội thảo; công tác truyền thông; biên dịch, phiên dịch; tập hợp báo cáo; quản lý cơ sở vật chất của Ban.
Bộ phận Tài chính - Kế toán: Lập kế hoạch tài chính; kiểm soát thanh toán, giải ngân; có trách nhiệm quản lý và báo cáo việc sử dụng các nguồn kinh phí theo đúng quy định của pháp luật Việt Nam và WB.
Bộ phận mua sắm, đấu thầu và CSVC: Tập hợp, kiểm tra, thẩm định kế hoạch dự án, trình phê duyệt kế hoạch thực hiện dự án hàng năm; Tổ chức lựa chọn nhà thầu; Kiểm tra, giám sát việc các nhà thầu thực hiện dự án; Nghiệm thu, thanh toán, quyết toán hợp đồng; thanh toán, quyết toán vốn đầu tư xây dựng công trình; Kiểm tra, giám sát và phối hợp với Tư vấn quản lý dự án lập kế hoạch hoạt động tổng thể và chi tiết hàng năm, kế hoạch lựa chọn nhà thầu, quản lý các hoạt động đầu tư xây dựng theo quy định của pháp luật Việt Nam và WB.
Bộ phận phụ trách chuyên môn kỹ thuật: Chịu trách nhiệm kiểm tra, kiểm soát, báo cáo các hoạt động nghiên cứu, đào tạo, hợp tác quốc tế đảm bảo hiệu quả và tiến độ thực hiện dự án.
Bộ phận Giám sát: chịu trách nhiệm giám sát các hoạt động và đánh giá kết quả thực hiện dự án theo kế hoạch từng năm, theo các chỉ số mục tiêu phát triển và chỉ số kết quả trung gian dự án; Giám sát môi trường và xã hội; Thực hiện công tác kiểm toán nội bộ; Báo cáo thường xuyên, định kỳ tình hình thực hiện dự án tới Giám đốc UPMU và SAHEP-PMB.